El document més antic que es conserva vinculat a aquesta ermita data del 13 de maig de 1413. És l’ermita més antiga de la diòcesi de Girona dedicada a aquesta advocació. En els seus inicis, fou un espai de retir i contemplació per a fidels anacoretes i eremites procedents de les poblacions llindants.

La història més recent aporta dades de diverses construccions fetes entre el 1700 (edificis laterals) i el 1833 (cobertes i  el porxo).  El 1835 s’obliga l’Església a cedir, confiscats, els seus béns al govern. Tres famílies de Cruïlles i l’Ajuntament els recuperaran més endavant i, en un document privat, el 1858 renunciaran a qualsevol dret sobre la finca i reconeixeran que l’únic propietari és la parròquia de Cruïlles. Amb la Guerra civil espanyola del 1936, els comités antifeixistes desmunten l’ermita  i en destrueixen l’altar i les imatges. La de la Mare de Déu i un retaule gòtic se salven.

La restauració de l’ermita s’ha anat produint al llarg dels anys amb la col·laboració desinteressada de molts vilatans i l’ajut d’organismes públics  i privats.  El 1992 es va crear la Fundació privada Mare de Déu d’Esperança, actual gestora de l’espai. La darrera aportació a l’ermita ha estat la de l’actual campana, donada per la família Darnaculleta i que el 16 d’abril del 2001 fou beneïda pel bisbe Jaume Camprodon.

Bibliografia: Mn. Joan Marquès i Suriñach, Història de l’Ermita de la Mare de Déu d’Esperança, Cruïlles (Cruïlles : Fundació Mare de Déu d’Esperança, 2005).